Om het zelf droog te houden, nam hij plaats in een klein vissersvaartuig waarop zijn koets verscheept stond. Toen de boot bijna de overkant bij Strijensas had bereikt, was de bui uitgebleven. De prins was inmiddels uit zijn koets gekomen. De schipper moest de zeilen nog even wenden en daarna kon het gezelschap aan land gaan. Echter, de zeilen weigerden en plots kwam er een flinke windvlaag aanzetten. Deze vulde het zeil en de boot helde over en schepte water. Alle opvarenden vielen overboord. Een persoon ‏(Onno Boldewijn du Tour)‏ wist zich aan de portierkruk van de koets vast te klemmen. Prins Johan Willem Friso klemde zich weer aan hem vast, maar kon hem niet vasthouden toen een golf hem meesleurde.
De schipper zette tevergeefs een reddingsactie op touw; de jonge prins verdronk, evenals zijn kamerheer. De overige opvarenden konden wel worden gered.

Pas acht dagen na het ongeluk zag een schipper het lijk van de prins drijven, op ongeveer de plaats van het ongeluk nabij Strijensas. Op 25 februari 1712, ruim zeven maanden na zijn dood, werd Johan Willem Friso bijgezet in de grafkelder van de Friesche Nassau's in de Grote of Jacobijnerkerk te Leeuwarden.