Hij behoorde oorspronkelijk tot de Christelijke Gereformeerde Kerken, een orthodox-calvinistisch kerkgenootschap met bevindelijke trekken. Toen deze voor het overgrote deel met de dolerenden die zich in 1886 van de Nederlandse Hervormde Kerk afscheidden in 1892 samengingen in de Gereformeerde Kerken in Nederland, voegde ook Colijn zich bij dit nieuwe gereformeerde kerkgenootschap.